Dr. Magnus Nilsson ist seit dem 1. Juni 2014 Leiter der Abteilung für Chirurgie, CLINTEC, am Karolinska Institutet und außerdem leitender Oberarzt der Abteilung für Oberbauchchirurgie am Zentrum für Verdauungserkrankungen (Gastrocentrum) an der Karolinska Universitätsklinik. Seit dem 1. Januar 2018 ist Dr. Nilsson Vorsitzender des Lenkungsausschusses des schwedischen nationalen Registers für Speiseröhren- und Magenkrebs (NREV).